FigureYa Help

欢迎来到 FigureYa 的 Wiki

FigureYa 是一个标准化的可视化框架,由 317 个模块化的 R/Python 脚本组成,覆盖表达谱、免疫分析、生存分析、单细胞可视化等领域。核心理念是"替换数据,即用"——无需深厚编程背景即可生成高质量、可发表的图表。

本项目提供 FigureYa 文稿中所有的输入文件、分析代码和结果。


🚀 快速开始

我想…… 看这里
了解为什么用 FigureYa(而不是让 AI 直接生成代码) AI 能生成代码,为什么要用 FigureYa
从 317 个模块里选一个合适的 怎样选择 FigureYa 模块
运行模块、用自己的数据画图 怎样用 Wisp Science 运行 FigureYa
了解推荐的工作环境 为什么推荐 Wisp Science

🔎 交互式结果浏览器

所有生成报告均托管在专属网页上,支持全文搜索,也是选择模块的最简便方式:

使用搜索功能

页面顶部的搜索框支持全文搜索,可快速定位相关信息:
- 输入关键词(函数名、R 包、分析标题、图表类型)
- 显示关键词出现的上下文片段
- 提供直达具体 FigureYa 报告的链接

手动浏览

点击页面上的缩略图和 HTML 链接,可手动浏览每个 FigureYa 的报告。把鼠标放在缩略图上,会出现该模块对应的下载选项,可直接下载单个模块。


📦 获取代码和数据

完整说明见 怎样用 Wisp Science 运行 FigureYa,这里列要点:

  1. Wisp Science 聊天窗口(最简单):用自然语言直接说"帮我下载 FigureYa123mutVSexpr",或描述你的数据,让它帮你找合适的模块。
  2. Git 克隆(推荐):git clone https://github.com/ying-ge/FigureYa.git
  3. 下载 ZIP:仓库主页 → Code → Download ZIP
  4. Fork 后克隆:先 Fork 到自己账号再克隆,便于二次开发
  5. 图库网站下载单个模块:鼠标悬停缩略图 → 下载;中国用户可用 >figureya.online 加速

部分模块的输入文件超出 GitHub 大小限制。对于这些较大的文件,请加入百度网盘群 979397987 获取下载链接。


📁 FigureYa 目录结构

每个 FigureYa 目录都遵循一致的结构:

核心文件

  • *.Rmd:主要的分析和绘图代码
  • *.html:由 R Markdown 文件生成的报告
  • install_dependencies.R:自动运行以设置所需环境的脚本

输入文件

  • easy_input_*:主要数据/参数(例如 easy_input_data.csv)
  • example.png:指定图表样式/布局的参考图片

输出文件

  • *.pdf:矢量图形结果(可编辑,适用于出版)
  • output_*:文本/表格输出(例如 output_results.txt)

示例目录结构(FigureYa59volcanoV2)

FigureYa59volcanoV2/
├── FigureYa59volcanoV2.Rmd          # 主分析脚本
├── install_dependencies.R           # 自动依赖安装脚本
├── FigureYa59volcanoV2.html         # HTML 报告
├── easy_input_limma.csv             # 输入数据
├── easy_input_selected.csv          # 输入数据
├── Volcano_classic.pdf              # 矢量图 (PDF)
├── Volcano_advanced.pdf             # 矢量图 (PDF)
└── example.png                      # 图表样式参考

✍️ 使用和引用

FigureYa 项目遵循 知识共享署名-非商业性-相同方式共享 4.0 国际许可协议(CC BY-NC-SA 4.0)。

如果您在研究中使用了此项目,请引用:

Xiaofan Lu, et al. (2025). FigureYa: A Standardized Visualization Framework for Enhancing Biomedical Data Interpretation and Research Efficiency. iMetaMed, 1(1), e70005. https://doi.org/10.1002/imm3.70005

BibTeX 条目:

@article{https://doi.org/10.1002/imm3.70005,
author = {Lu, Xiaofan and Li, Kailai and Li, Zongcheng and Lin, Anqi and Zhao, Long and Shen, Rongfang and Xu, Zhougeng and Gao, Jianing and Lv, Dekang and Zhang, Yasi and Ye, Taojun and Shen, Junyi and Chen, Yijing and Huang, Hui and Hao, Zhaodong and Zeng, Dongqiang and Wang, Haitao and Guo, Shipeng and Wang, Wen and Xiong, Yi and Li, Yin and Li, Hao and Gao, Jingze and Liu, Qian and Wei, Bin and Shi, Jiawei and Cheng, Shuwen and Li, Guoqi and Tang, Yuan and Lin, Enyu and Xu, Houshi and Feng, Guoshuang and He, Yangzhige and Sun, Yu and Liu, Xiaojian and Wang, Yufang and Song, Wenxin and Song, Jinen and Tian, Saisai and Zhang, Ya and Zhang, Jie and Xu, Zhongtian and Song, Chengli and Zhang, Yingying and Wu, Hao and Gao, Chunhui and Hu, Erqiang and Yang, Chen and Lou, Jiacheng and Wang, Di and Wang, Xuanyu and Luo, Peng and Yu, Guangchuang and Ge, Ying},
title = {FigureYa: A Standardized Visualization Framework for Enhancing Biomedical Data Interpretation and Research Efficiency},
journal = {iMetaMed},
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doi = {https://doi.org/10.1002/imm3.70005},
url = {https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/imm3.70005},
year = {2025}
}

🌱 FigureYa 生态系统

FigureYa 社区开发了许多基于本项目的扩展工具,详见 FigureYa 生态系统:

欢迎发现更多工具,或贡献您的作品!


🤝 持续更新

FigureYa 正在持续改进现有模块并新增功能。我们欢迎有兴趣的贡献者加入 FigureYa 的开发!

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